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lncRNA测序

lncRNA测序

简要描述:
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。

更新时间:2019-12-30

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厂商性质:其他

长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中大部分的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、**等)相关 lncRNA信息。

 

数据分析内容

标准分析项目

1) 去除接头序列、低质量序列,得到高质量数据;

2) 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA(rRNA)数据

3) 转录本组装;

4) 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本;

5) 预测新的lncRNA;

6) lncRNA定量及差异分析(需至少2个样品);

7) lncRNA差异表达模式聚类;

分析项目

基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析;

构建重要的lncRNA-mRNA网络图;

网络拓补学分析及网络模块分析;

功能富集分析;

ceRNA预测分析;

 

样品要求

1.样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

2.样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3.样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。

4.样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5.样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

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